El Posgrado de Doctorado Directo del CER inició en el año de 1999 y concluyó en 2013. Su Plan de estudios contemplaba el ingreso de estudiantes a la etapa de maestría y su continuación en la etapa de doctorado una vez acreditada la maestría.
En junta de profesores del 10 de agosto del 2010 se aprobó el cambio de programa directo a integral. Es el origen del Posgrado Integral en Ciencias Sociales-Especialidad en Estudios Rurales (PICSER).La diferencia de modalidad consistió en separar las etapas de maestría y doctorado permitiendo, con esto, el ingreso a estudiantes de otros programas de maestría interesados en cursar el doctorado en el Centro de Estudios Rurales. Dicho cambio incrementó de manera considerable la matrícula de estudiantes de la primera generación del doctorado integral (2013-2017). Dado el buen índice de eficiencia terminal obtenido, entre otros indicadores evaluados, en el año 2018 el programa del PICSER obtuvo el nivel de consolidado* dentro de los criterios de evaluación del Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC)-Conacyt.
* Programas consolidados. Son los que tienen reconocimiento nacional por la pertinencia e impacto en la formación de recursos humanos de alto nivel, en la productividad académica y en la colaboración con otros sectores de la sociedad.
A continuación, se presentan una serie de estadísticas del Programa de Doctorado Directo.