El Doctorado en Historia se creó en 1999 como una adecuación al exitoso programa de maestría que ofreció el Centro de Estudios Históricos a lo largo de 20 años. Desde su inicio, el Doctorado en Historia ha formado parte del Padrón de Posgrados de Excelencia del Conacyt y en 2011 fue reconocido por la misma institución con la categoría de Competencia Internacional, el único de este nivel que se imparte fuera de la Ciudad de México. Gracias a ello sus seis generaciones de estudiantes han contado con una beca para completar su formación bajo rigurosos estándares académicos.
Muchas de las medidas que durante 20 años favorecieron la calidad académica de la maestría han sido conservadas en el doctorado. El seguimiento riguroso del desempeño de los alumnos a través de la asignación de un tutor que tiene la función de orientar, auxiliar y apoyar al estudiante en su adaptación al intenso ritmo de trabajo que supone el plan de estudios; la permanente visita de profesores nacionales y extranjeros invitados a dictar conferencias y participar en cursos, y la organización frecuente de seminarios, ciclos de conferencias y congresos que complementan la formación académica de los alumnos del doctorado en historia. El programa proporciona un ambiente adecuado para el estudio intenso y sistemático, dando como resultado la formación de un profesional comprometido con su continua actualización y contribución al conocimiento historiográfico, con base en una ética laboral de compromiso con el trabajo de excelencia.
Una muestra del éxito que ha tenido el Doctorado en Historia es que todos los graduados de nuestro programa laboran actualmente como profesores o investigadores en universidades y centros públicos de investigación de todo el país e incluso en el extranjero, muchos de ellos han realizado estancias posdoctorales, más de la mitad forma parte del Sistema Nacional de Investigadores, más de la mitad de las tesis se han convertido en libros publicados y una quinta parte de ellas han sido premiadas.